RO sisteminin işletme parametreleri cihazın işlevselliğini değerlendirmek için devamlı takip edilip ölçülmelidir. Bazı RO sistemleri 24 saat kesintisiz çalıştırılmayabilir. Tesisin işletme gereksinimi için ihtiyaç doğrultusunda açılıp kapatılabilir. RO sistem kapalı iken membranlar içerisindeki kirlilikler membran zarının üzerinde muhafaza edilir. Aynı zamanda ön arıtma filtre sistemleri olmayan veya iyi işletilemeyen ve de koruyucu kimyasalları dozlanmayan membranlar üzerinde de kirlilikler oluşur ve birikir. İnorganik maddeler,  mikrobiyolojik kirlilikler, vb. kirlilikler membranların kirlenmesine ve tıkanmasına yol açarlar. Bu tür kirliliklerin ve tıkanmaların yaşanmaması için temiz su ile yıkama ve kimyasallar ile yıkama yapılmalıdır. Bu yapılan yıkamaya membran yıkama işlemi denir. Kısaca CIP denir.

CIP sistemi Solüsyon tankı, yıkama pompası, filtre sistemi ve bağlantı parçaları ve otomasyon ekipmanlarından meydana gelir.